El Hogar Virgen del Prado está cubierto por los certificados principales otorgados a Fundaciones Asistenciales Diócesis de Huelva, en los que se certifica los sistemas de gestión según las normas UNE-EN ISO 14001:2015, UNE-EN ISO 9001:2015 y UNE-EN ISO 158101:2015.
Dichos certicifados de calidad renovados en el año 2024, tendrán validez durante los próximos tres años.